En el año 1040 el rey García el de Nájera dona a su mujer, doña Estefanía, por la denominada Carta de Arras, Arnedo y su valle, que los poseía en señorío Fortún Ochoa. Lógicamente , esto hace suponer que Quel pasó a manos de la reina. Pero este dominio debió durar poco tiempo, porque en 1065 el señor de Quel es Fortún Garcés. Avala este hecho el que en el testamento de la reina Estefanía no se mencione Quel ni el valle de Arnedo.

A lo largo del siglo XII la historia de Quel está ligada a la de Arnedo e íntimamente relacionada con las luchas que los reyes cristianos mantienen por La Rioja.
Tras la muerte de Sancho el de Peñalén, Alfonso VI de Castilla consigue la incorporación del territorio, pero no tardará en pasar a órbita aragonesa

En julio de 1173 Alfonso VIII ocupa Quel.
En el año 1200, en la escritura de asignación de rentas a la iglesia catedral de Calahorra, hecha por su obispo Juan de Préjano, entre otras figura "et illas sernas de Quel, el villam quae dicitur _Rochafuerte, et illum monasterium quod dicitur Sanctus Oetrus vetus cum omnibus pertinentiis suis". En el año 1250 consta que era señor de Quel Simón Róiz.

A mediados del siglo XII se acuerda que la zona riojana situada en la margen derecha del Ebro sea entregada al feudatario del rey de Castilla, García Ramírez de Navarra. Pero durante la minoría de edad de Fernando VIII de Castilla el rey de Navarra comienza la conquista de La Rioja, y entre 1162 y 1163 sus ejércitos ocupan Logroño, Navarrete, Entrena, Pazuengos, Ausejo, Resa, Autol, Quel y Ocón.

Fernández Boadilla afirma que: "la grave situación creada entre ambos monarcas propicia un acuerdo en agosto de 1176"; por él sometían sus diferencias territoriales al arbitraje del rey inglés, Enrique II. Entre las reclamaciones navarras ante la curia inglesa figura la devolución de Quel. El fallo del rey inglés supone la pérdida de las posesiones riojanas por parte del rey navarro, que pasan finalmente a la órbita castellana.

Ordollo fue un pueblo que estuvo unido a Quel desde 1455 hasta que desapareció. Se encuentra situado al otro lado del monte Gatún, y es terreno actual de Quel

En 1455 Leonor Téllez la vendió a García Sánchez de Alfaro, cuyos hijos, al delegar, dividieron el pueblo en Quel de Yuso para la familia Mota (que fueron personajes ilustres relacionados con la Corte y el Ejército) y Quel de Suso y Ordollo para la familia Oñate.

En el año 1789 aparece todavía con esta dominación. Fue villa de señorío hasta el siglo XVIII.
Perteneció a la provincia de Soria hasta la creación de la de Logroño en 1833. Un año después quedó incluída en el partido judicial de Arnedo

En los cronicones del siglo XV se habla ya de las villas de Quel de Yuso y de Suso, que tenían sus correspondientes alcaldes por el estado noble y por el estado llano.

Cuando en 1455 Leonor Telléz de Meneses vendió el señorío de Quel a García Sánchez de Alfaro, este no sabía que a su muerte, después de un tiempo de permanencia de sus bienes en comunidad, sus herederos acabarían dividiendo Quel en dos pueblos diferentes, Quel de Yuso y Quel de Suso, uno tendría sobre los 125 habitantes mientras que el otro sobre los 60.

En 1547 comienza el pleito que llevaría a esta división, dos señores de Quel eran, por una parte, Pedro Díez de la Mota e Isabel Zúñiga, señores de los dos tercios, y por otra, Francisco de Gante y su hermano Juan, propietarios del tercio restante.

En 1574 sale la primera sentencia que decía:

El 22 de agosto de 1527 la Chancillería de Valladolid saca la sentencia que confirma la división de la villa en dos, división que duraría unos 300 años. Se dividió el pueblo en dos, incluido el llamado lugar de Ordollo, pueblo que estuvo unido a Quel desde 1455 hasta que desapareció, darían Quel de Yuso a la familia Mota y Quel de Suso y Ordollo para la familia Oñate.

Algunas propiedades como el molino y el horno (en comunidad, pues no reciben cómoda división), quedaron en régimen común y se debían de repartir las rentas en la proporción de dos tercios y un tercio entre las partes. La división marcaba hasta el lugar que las familias debían de ocupar en la iglesia y e las procesiones.

Quel fue una de las villas eximidas pertenecientes a la provincia de Soria hasta la creación por Real Decreto del 30 de noviembre de 1833 de la nueva provincia de Logroño. Un año después quedó incluida en el partido judicial de Arnedo.[1]

En 1752 el pueblo seguía dividido tal y como marcaba la sentencia; Quel de Yuso era las dos terceras partes, pertenecía a María Jerónima Alonso Encio y Mota y el de Suso, la parte que completa el tercio, a Francisco de Gante Ovando y Castejón. Los vecinos de Quel tenían que pagar las rentas correspondientes a estos señores además de las de la Iglesia y de la corona. Con las reformas liberales que tarjó la revolución francesa y que en España se fueron realizando a partir de 1835 desapareció el Señorío y se volvió a unir la villa a la vez que se vendieron las propiedades de la iglesia.

En el “Diccionario Geográfico” publicado en Barcelona en 1830, Quel aparece con una población de 264 vecinos (1819 almas). En el censo de la provincia de Logroño, de 1840, contaba con 365 vecinos y 1530 almas.

Las reformas emprendidas en el siglo XIX fueron llevando a la villa del Quel a una mejora económica de sus vecinos. En la selecciones municipales de 1931 los resultados fueron favorables a la CEDA, representada por Pedro Sigüenza, pero fueron inpugnadas llegando a la alcaldía Víctor de Blas, que se había presentado como independiente en las listas de los republicano socialistas. Escasos 2 meses después sería asesinado en la calle Cantón de su pueblo.

Los enfrentamientos entre los progresistas y los tradicionistas fueron una constante durante el periodo de libertad que significó la república. El golpe militar de Franco y la guerra dejaron a Quel dentro de la zona nacional, no sufriendo los combates del frente. En la posguerra la emigración a las zonas industrializadas del País Vasco, Cataluña y Madrid mermaron la población de la villa hasta la llegada de la reforma democrática, en que resurgió gracias al relanzamiento de la agricultura y de la industria zapatera.